Salah satu permasalahan yang Rumah Autis hadapi dan cukup sering terjadi adalah berpindah pindahnya lokasi beberapa cabang karena statusnya yang masih mengontrak. Hal ini berdampak pada sebagian siswa yang rumahnya semakin jauh dari Rumah Autis. Mereka kesulitan menjangkau lokasi baru sehingga akhirnya memutuskan untuk berhenti terapi ataupun sekolah.
Selain itu, biaya sewa tempat pun menjadi beban lembaga yang cukup signifikan. Setiap tahun terjadi kenaikan sewa rata-rata hingga 15 persen, sehingga pengeluaran Rumah Autis semakin membengkak untuk memenuhi biaya tersebut.
Berangkat dari pemikiran tersebut, Rumah Autis menggulirkan Program WAkaf SAHabat Rumah Autis yang hasil pengumpulannya akan dialokasikan untuk membeli Rumah di cabang-cabang Rumah Autis yang membutuhkan.Rumah Autis membuka kesempatan kepada masyarakat untuk dapat berpartisipasi dalam program Wakaf Sahabat Rumah Autis.
“Apabila manusia mati, maka terputuslah (pahala) amalnya, kecuali dari perkara: sedekah jariah, ilmu yang bermanfaat, dan anak sholeh yang mendoakan kedua orangtuanya” (HR Muslim)